La ville « Médina Fès » a été fondée par Idrîs Ier en 789 à la place de l'actuel quartier des Andalous. En 808, Idris
II fonde « al-Aliya » sur l'autre rive de l'oued de Fès. Al Aliya se développe très vite et devient une véritable ville
avec mosquée, palais et kisariya (halle, marché).
Les sources d'eau vitales aux alentours de Fès, qui avant même sa fondation étaient connues et louées en chanson, ont
sans aucun doute été un critère important lors du choix de l'emplacement pour la future métropole.
Les évolutions suivantes sont dues à deux vagues successives d'émigration : à partir de 817 - 818 s'installent dans la
ville fondée par Idrîs Ier près de 800 familles andalouses expulsées par les Omeyyades de la ville espagnole de Cordoue.
Peu de temps après environ 2 000 familles bannies de Kairouan (fuyant les persécutions des Aghlabides) s'installent sur
l'autre berge. La mosquée universitaire «Quaraouiyine» fondée au IXe siècle devient l'un des centres spirituels et
culturels les plus importants de l'époque. Son influence se fait ressentir jusque dans les écoles de l'Espagne islamique
et
au-delà vers l'Europe et elle est connue pour être la plus ancienne université au monde.
Les nouveaux arrivants apportent avec eux aussi bien un savoir-faire technique et artisanal qu'une longue expérience de
la vie citadine. Sous leur impulsion, Fès devient un centre culturel important et après la fondation de la mosquée
universitaire Quaraouiyine le cœur religieux du Maghreb.
Fès se trouve à un emplacement particulièrement avantageux, au croisement de routes commerciales importantes, au cœur
d'une région naturellement généreuse avec des matières premières précieuses pour l'artisanat (pierre, bois, argile). Ceci
lui permet de se développer très rapidement. Fès se trouve notamment sur la route des caravanes allant de la Méditerranée
à
l'Afrique noire en passant par la grande ville commerciale Sijilmassa (disparue au XVIIe siècle) dans la région de Tafilalt.
- Moyen Âge
Au Xe et XIe siècle, la ville de Fès est prise par les Maghraoua. Fès sera le théâtre de Bataille entre les tribu
Zénètes Maghraoua et Banou Ifren pour sa gouvernance.
Les deux parties de la ville s'unissent au Moyen Âge, détruisant le mur qui les séparait. Fès perd son rôle de capitale
avec la fondation de Marrakech par la dynastie almoravide au XIe siècle mais le reprend en 1250 grâce à la dynastie
mérinide. Sous leur règne, la nouvelle ville El Medinet El-Beida (la ville blanche) est fondée en 1276 ; elle est équipée
de remparts, de palais et de jardins. Elle est rapidement connue sous le nom de Fès Djedid (la nouvelle Fès) en opposition
à Fès el Bali (la vieille ville). La population juive qui se trouvait aux alentours du palais est forcée de partir et le
Mellah (quartier juif) se forme dans l'ancien quartier de la garnison des archers syriens. Au début du XIVe siècle (apogée
de l'art hispano-mauresque), la ville connaît une forte croissance. L'université Quaraouiyine est alors connue mondialement.
Grâce aux caravanes allant jusqu'au port de Badis dans le Rif, Fès est en permanence liée à l'Espagne islamique et à
l'Europe. En 1471, la ville tombe aux mains de la dynastie Beni Wattas.
- XVI - XVIIIe siècles
En 1522, Fès souffre d'un tremblement de terre qui détruit la ville en partie. Dans les années qui suivent, de nombreux
bâtiments sont reconstruits, restaurés ou remplacés par des nouveaux. La dynastie des Saadiens prend la ville en 1554 mais
choisit Marrakech comme capitale. à la fin du XVIIe siècle, avec les débuts de la dynastie alaouite, Moulay Ismail choisit
Meknès comme nouvelle capitale. Il installe à Fès une partie du clan des Udaia qui l'avaient aidé à gagner le pouvoir.
Après sa mort (1727), les Udaia se révoltent, ils ne seront chassés de la ville qu'en 1833 par Abd al-Rahman. Moulay
Abdallah, le successeur de Moulay Ismail, fait de Fès son lieu de résidence et fait rénover ou nouvellement construire
mosquées, écoles (madrasas), ponts et rues, les rues de Fès Djedid sont pavées.
- XIXe siècle
Au XIXe siècle, les deux anciennes parties de la ville sont reliées à de nouvelles constructions comme le palais
bouloudjoubou. Jusqu'au début du protectorat en 1912, Fès est la capitale du Maroc.
- Le protectorat français et l'indépendance
C'est à Fès que le traité de protectorat français et espagnol (pour le Nord du pays ainsi que le Sahara Occidental) est
signé le 30 mai 1912. Moins de trois semaines après la signature, des émeutes éclatent dans la ville. Rabat est déclarée
officiellement capitale du Maroc, Fès reste cependant un important lieu de résidence royale et un centre culturel,
artisanal, commercial mais aussi politique. L'istiqlal (Parti de l'Indépendance) est établi à Fès par Allal El-Fassi.
Beaucoup des initiatives pour chasser l'occupant français partent de Fès. En 1944, est rédigé le manifeste pour
l'indépendance dans une maison de l'ancienne médina, aujourd'hui place de l'Istiqlal. La ville sera l'objet d'émeutes dans
les années 1980 et début 90.
Sous la direction de Lyautey et d'après les plans de l'architecte Henri Prost, une nouvelle ville se développe dans les
environs de Dar Debibagh au sud de Fès Djedid. Si elle fut dans un premier temps le quartier résidentiel des européens,
la « ville nouvelle » a continué à se développer comme ville arabe moderne avec de nouveaux quartiers de villas. Les
autorités, institutions et entreprises de services s'y sont installées.